ДНК-зонды нашли свое применение также и в молекулярной цитогенетике для анализа генома мыши.

С помощью них определяют сайты интеграции трансгенов, характеризуют геном после сложных манипуляций, проводят контроль аберраций в клеточных линиях, в том числе эмбриональных стволовых клетках.

Зонды на хромосомы мыши доступны с двумя флуоресцентными метками: красной и зеленой.