Основные области применения флуоресцентной гибридизации ДНК in situ – выявление предрасположенности к различным заболеваниям, наследственных и врожденных патологий, а также дифференциальная диагностика онкологических заболеваний и мониторинг проводимой терапии.
Метод гибридизации нуклеиновых кислот in situ был разработан для локализации определенных сиквенсов (последовательностей нуклеотидов в цепи ДНК) на цитологических препаратах. Относительная простота и эффективность данного метода делают его основой многочисленных скрининговых программ.